کلیسای سن‌استپانوس از کلیساهای با عظمتی است که بین قرن های چهارم تا ششم هجری ( ۱۰ تا ۱۲ میلادی ) ساخته شده. این کلیسا دومین کلیسای مهم ارمنی های ایران است که از نظر اهمیت بعد از قره کلیسا قرار می گیرد. کلیسا در دره‌ای سرسبز و خرم معروف به دره شام بر یک بلندی بنا شده است. نام کلیسا سن‌استپانوس بر گرفته شده است از نام استپانوس که به عنوان اولین شهید راه مسیحیت شناخته می شود و در بیشتر کشورهای جهان کلیساهای متعددی با همین نام وجود دارد. سنت استپانوس یا سنت استفان اولین شهید راه مسیحیت است که در ۲۶ دسامبر سال ۳۶ میلادی در اورشلیم توسط یهودیان سنگسار شد. کلیسا به علت زلزله دچار آسیب های جدی شده بود که در دوران صفویه مورد مرمت و بازسازی قرار گرفت.
صد ها سنگ نبشته به زبان ارمنی در داخل و خارج کلیسای سن استپانوس نصب شده است.
کلیسا دارای سه قسمت اصلی و بخش های فرعی مختلفی است، سه قسمت اصلی کلیسا شامل نمازخانه اصلی، اجاق دانیال و برج ناقوس می شود.